Depuis 1994, La Comtoise est l'un des fournisseurs majeurs de PAI (Produits Alimentaires Intermédiaires), leader sur le marché des fromages fondus.

Elle développe des ingrédients fromagers qui répondent aux objectifs de production de développement, de création et d'innovation de l'industrie agro-alimentaire : fromages râpés, fromages à trancher, fromages pour garnitures, pour pizza, sandwiches, produits snacking et plats cuisinés ...